由於生活習慣、食物構成的變化,人類的頜骨在進化過程中逐漸發生退行性改變，表現出變窄、縮短等現象。在進化過程中，牙齒的變化不如頜骨變化明顯，這就導致了用於生長牙齒的頜弓，相對於牙弓而言變得短了。較短的頜弓自然容不下較長的牙弓，於是,最後萌出的第三磨牙就會受到阻擋而出現萌出不完全。牙齒未能萌出到正常的位置稱為牙齒萌出不全或簡稱萌出不全。
萌出不全的第三磨牙，其牙冠周圍的牙齦組織往往覆蓋在牙冠表面。覆蓋在牙冠表面的牙齦瓣與牙面之間形成深而窄的盲袋。盲袋中會存留食物殘屑和細菌，它們很難在漱口或刷牙時被清除。覆蓋在牙冠的牙齦瓣受到損傷（咬傷或擠傷）時，細菌就會通過這個部位侵入牙齦組織，引起智齒冠周感染即智齒冠周炎。
全身抵抗力強時,智齒冠周炎可能無明顯不適或局部僅有輕微不適。但全身抵抗力往往在睡眠不足、過度疲勞、女性經期時下降,此時智齒周圍軟組織的炎症和不適感會迅速加重，口腔醫學上稱這種現象為“智齒冠周炎的急性發作”。
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