根尖組織病分為感染性和非感染性兩種。絕大多數的根尖周病都繼發於牙髓病。由牙體缺損所致的牙髓炎症如未經認真治療，細菌便可由牙髓擴散至根尖組織，此為最主要的感染途徑。另外，牙周病變或臨近牙齒的根尖周病變也可引起感染。
非感染性根尖周病主要由創傷和化學刺激引起。病原刺激會引起機體的免疫應答,這是機體的抵抗機制，但在根尖周病中異常的免疫應答卻可加重根尖周病的發展。因此，臨床上在進行根管治療時會發生一些難以解釋的情況，例如在感染根管治療過程中，在封入某種藥物後數分鐘到數小時突然發生暴發疼痛現象,這可能就是藥物的半抗原引起的異常的免疫應答。在某些感染根管治療過程中，術者操作很小心，根管器械也未達到根尖,更未將根管內的感染物推出根尖孔，但卻引起了意想不到的疼痛和腫脹,在目服地塞米松或在根管內封入類固醇類免疫抑制藥物後可得到緩解，說明與異常的免疫應答有關。
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