根管治療成功與否取決於感染是否徹底去除以及根管系統是否清潔乾淨。根管在完善的清潔和成形後，使用生物相容性好、性能穩定的充填材料進行三維充填是根管治療的主要目的。進行根管化學及機械預備過程中使用的材料,可能會影響牙本質的膠原蛋白結構，從而影響牙本質的機械性能。次氯酸鈉(NaOCl)和EDTA是根管治療過程中常用的藥物,薩利赫(Saleh)和埃特曼(Ettman)(1999)評估了多種根管治療藥物對根管牙本質微硬度的影響,當使用3%H2O2,5%NaOCl和17%EDTA沖洗根管後，牙本質的微硬度均有所下降。EDTA相較於NaOCl和H2O2,牙本質硬度降低得更多。這些藥物也改變了牙本質的機械性能,如彈性和韌性模量。格裏戈拉托斯(Grigoratos)等(2001)使用三點抗撓強度量表評價了使用3%和5%的NaOCl以及Ca(OH)2之後的牙本質彈性模量和韌性模量。結果發現,NaOCl的使用同時降低了牙本質的彈性模量和韌性強度，而Ca(OH)2則只降低了牙本質的韌性強度。長時間使用高濃度的EDTA和NaOCl可能會增加根折的發生風險。因此，臨床醫師應該注意,在根管充填之前,必須將根管內的沖洗藥物去除乾淨。
根管充填材料必須具有放射線阻射、易操作、抗菌、可與根管壁穩定、緊密的結合等特性。目前臨床上最常用的根充材料仍然是牙膠尖，牙膠尖的使用可以為根管治療後的患牙提供一些支持，使其抵抗根折的能力增加。在根管再治療的病例中，因為需要去除感染和原有的根充材料，往往會對根管牙本質壁的機械性能產生不良影響。根管治療失敗的標誌包括持續的根尖感染和根管治療後的一系列症狀，這是表示患牙需要進一步治療的指征。在根管再治療過程中，根管和冠部牙本質暴露於牙膠溶解劑中，這些溶解牙膠的材料可能會改變牙本質表面的化學組成,從而影響其與再次根充的材料和修復體之間的相互作用。研究表明，在使用二甲苯和橙油溶解牙膠尖後，根管壁和玻璃纖維樁之間的黏結強度未見明顯變化;而使用桜樹油時，則會顯著降低根上1/3和根中1/3纖維樁與根管牙本質壁之間的黏結強度。
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