牙周病的病因十分複雜，是由多方面的因素綜合作用而形成的，可分為局部和全身兩個方面的因素。
局部因素主要有：①粘附在牙齒表面的牙菌斑中存在著大量的細菌，細菌的產物直接損害了牙齦組織，引起牙齦發炎。細菌及其產物還可以作為抗原，引起機體的免疫反應，更加重了牙齦的炎症和骨質吸收。②圍繞在牙齒周圍的牙結石往往也是細菌孳生的良好環境。牙石的存在會妨礙口腔衛生,促使形成更多的菌斑，牙石本身也容易吸附更多的細菌毒素，對軟組織造成刺激。③不正常的咬合力使得牙周膜斷裂、變性、壞死，牙槽骨吸收，若合並細菌的刺激，則更加重對牙周組織的破壞。④各種原因使食物被擠入牙間隙內，產生機械性壓迫而使牙齦退縮。食物腐敗分解的產物和細菌等可以引發牙齦炎症，繼而發生骨吸收。⑤此外，牙齒的錯位和排列不齊、張口呼吸、口腔的不良習慣以及不良修複體等，都會刺激牙齦,引起牙周病。
全身因素主要有:①某些激素如雌激素、腎上腺皮質激素、甲狀腺素、胰島素等分泌量異常都可加重牙周病情。②白血病等血液病可使機體的抵抗力下降，使牙齦出血、壞死、腫脹。③維生素C、D缺乏時，會出現牙槽骨吸收疏松、牙齦出血、牙齒松動等。某些藥物如苯妥英那等會使牙齦增生。
中醫學認為牙周病的病因分為內因和外因。內因是腎虛所致，可由久病耗損、勞倦過度、生育過多、先天體質差等引起的，表現為牙齒松動、牙根外露、牙齦退縮、牙槽骨吸收。外因是胃火濕熱，由飲食不節、嗜食厚膩、飲酒過度、消化不良、腸胃鬱熱等引起，表現為牙齦紅腫、出血、溢膿等。
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