牙周手術治療是為了解決基礎治療階段未能解決的問題，主要包括兩大方面，一是針對牙周袋的治療，消除牙周袋壁的病變組織，使袋消除或變淺，從而建立穩定的易於維護的狀態，並促進牙周組織再生；另一方面是改正解剖形態學缺陷，以避免這些外形缺陷導致的菌斑沉積、牙周袋的復發和對美觀的影響，最終達到改善牙的預後和改善美觀的目標。
1. 針對牙周袋的手術治療
主要目的是消除牙周袋或使牙周袋變淺，包括切除性手術、重建性手術和再生性手術。經牙周基礎治療之後，深牙周袋如果還存在，提示單純刮治和根面平整難以徹底清除深袋內的菌斑牙石等病原因數，往往需要通過手術的方法來解決。牙周手術過程中所涉及的組織包括牙周袋壁(感染的炎症組織)、牙根面(殘留的菌斑、牙石和吸附的內毒素等)、牙槽骨(吸收和不規則修復所形成的不良形狀)以及附著齦(角化齦的寬度、牙齦的厚度)。術前應針對這些方面進行恰當的設計。
在切除性手術和重建性手術中，可以採用牙齦切除術，切除軟組織袋壁，從而消除牙周袋；也可以通過翻瓣術，在手術中僅切除牙周袋內壁的病變組織，同時暴露病變的根面和牙槽骨,在直視下清除根面的菌斑、牙石和病變組織，從而使牙周袋變淺。
在再生性手術中，通過促進牙周組織再生，使吸收的牙槽骨及其他牙周組織新生，並建立新的牙周附著裝置，使牙周袋變淺或消除，保持牙面和根面的清潔，防止疾病的復發，同時恢復牙周組織原有的結構和功能。目前這是牙周手術治療的重要目的之一，並且是最理想的目標。
2. 改正解剖形態學缺陷和改善美觀的手術治療
目的是改正那些利於菌斑聚集和牙周袋復發或影響美學的解剖學形態缺損，從而改善預後和改善美觀。
牙周炎在通過基礎治療後，炎症可以得到控制，牙槽骨的吸收可以得到中止，但病變所造成的骨形態缺陷和不良外形如骨下袋、凹坑狀吸收、反波浪形吸收等仍存在，對於這類問題，可在針對牙周袋的手術治療中，同時修整軟、硬組織缺陷和不良的外形，建立具有生理外形的、和諧的軟硬組織形態，從而便於患者自我菌斑控制和口腔衛生的維護，同時改善美觀。
對於軟組織缺陷，即牙齦和黏膜組織的缺陷，如附著齦過窄或無附著齦、牙齦退縮致根面暴露、齦乳頭缺失等，會影響美觀，也會使菌斑易於在這些部位沉積，患者難以對這些部位進行自我菌斑控制，因而易引起炎症的復發。因此，需要通過手術建立或加寬附著齦、覆蓋裸露的根面、重建已喪失的齦乳頭，這類限於軟組織的手術稱為膜齦手術。有時牙周軟、硬組織外形及與牙齒的關係不佳，會影響美觀，此時對牙周軟、硬組織都需要修正，才能改善美觀。臨床上還會遇到一類問題是牙周組織不利於修復治療，需要在修復前通過手術方法改變牙周組織的形態，以利於修復體的放置以及獲得修復後的美學效果。解決這些問題的手術與膜齦手術一起合稱為牙周成形和美學手術。
雖然這類針對軟、硬組織的手術不是直接治療疾病，是在無炎症的組織上和無牙周袋的情況下進行的，但同樣具有改善美觀、便於患者自我菌斑控制和口腔衛生的維護、預防炎症發生的作用，有利於牙周組織的健康和長期穩定。
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