(1)治療初期：徹底清潔口腔，並教育患者正確的口腔清潔方法，包括正確的刷牙和使用牙線的方法。爾後以全口超聲波洗牙，實施牙周囊袋深部結石的刮除及牙根整平術，去除不良修復體、咬給干擾等。潔治術後用康復新液8~10毫升，每天3次，含漱3〜5分鐘，其中以晚上睡前含漱為重點。1個月為1個療程，中間歇半個月後繼續重複上述治療，連續3個療程後達到牙齦乳頭健康，無紅腫，牙齦無萎縮現象，無刷牙出血,無食物嵌塞現象。
(2)手術期：比較嚴重的患部，尤其牙周囊袋較深的地方,需做牙周翻瓣術，才能徹底將結石和病變組織清除。牙周手術是一種安全的局部手術，在牙科門診就可以進行。局部麻醉下，將牙齦稍微翻開，徹底清除牙周深部的結石、肉芽組織，如果有牙槽骨骨損失，還要配合放置牙周再生膜和人工骨粉，使破壞的骨組織再生,達到積極重建牙周組織的目的。
(3)維持期：上述的治療通常需要3個月至半年的時間，而且術後的維護極其重要，否則將前功盡棄。除了要永久不間斷地做口腔清潔外，應依醫師指示，定期回診檢查，以便充分掌握牙周及口腔情況。
日常中的營養治療也是維護牙周健康的重要因素。營養治療包括如下幾個方面：①高蛋白飲食。補充豐富的高,蛋白飲食，可以增強機體抵抗力及抗炎能力，提供損傷組織修復所必需的原料。②足量維生素。供給多種維生素，尤其是B族維生素、維生素C、維生素D、維生素E和葉酸等。B族維生素有助於消化，能保護口腔組織；維生素C可促進牙齦出血復原。③補充無機鹽。要特別注意無機鹽的攝入，尤其是鈣、磷、鋅的攝入量及其比例關係。鋅可以抗感染，加快癒合。④具體飲食。少食油炸煎熬油膩食品，以及糟貨、海貨、大蒜、韭菜、煙酒等刺激性食品，多食含有豐富蛋白質的食物，如豆製品、雞蛋、牛奶、綠豆、麥片、惹茂仁、新鮮蔬菜和瓜果等，時常吃些肉食和全穀物，少吃糖類和精製糖，因為糖類導致菌斑形成並阻止白細胞消滅細菌。此外，還要積極治療某些原發病，如糖尿病易引起牙周病。
無論牙周是完美健康，還是患有輕中度牙周病，抑或是已經很嚴重的牙周病患者，要想維持牙周健康，提高和鞏固治療效果,都必須做到：堅持養成正確的口腔衛生習慣；在專業的口腔醫療機構進行檢查維護和治療；嚴格按照醫生要求去做，特別是當治療取得了一定成效時，也一定要按醫生要求定期復診。
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