牙周病的基礎治療重點為菌斑控齲、潔治術和齦下刮治術及藥物治療。
（1） 菌斑控齲：是治療和預防牙周病的必需措施，是牙周病治療的重點。因為牙菌斑是牙周病的主要刺激因素，而且除去之後還會不斷在牙面重新形成，因此必須每天堅持徹底清除牙菌斑，才能預防牙周病的發生與復發。對已經患有牙周病者，除了在治療中徹底清除牙面的牙菌斑、牙石外，還必須教會患者掌握菌斑控齲的方法，因此菌斑控齲並不單純是某一階段的治療，它是貫穿牙周病治療過程的始終,而且在洽療後也要終身實施，才能保證牙周病治療的順利進行並保持長期的療效，防止牙周病的復發。
菌斑的控齲方法較多，有機械和化學方法，但目前仍公認以機械清除菌斑的效果最為確切。
① 刷牙是目前自我清除菌斑的主要手段，設計合理的牙刷和正確的刷牙方法能有效地清除菌斑。一般刷牙方法只能清除菌斑的70%左右，在牙齒的鄰面常餘留菌斑，常需要借助牙線、牙籤和其他工具如牙間隙刷、錐形橡皮尖及牙線夾等來輔助清除。
② 應用有效的化學藥物來抑齲菌斑的形成或殺滅菌斑中的細菌是控齲菌斑的另一途徑。但需要強調的是，儘管化學抗菌斑含漱液能一定程度地控齲菌斑，但它仍然不易達到牙周袋內。只能在機械地清除了菌斑和牙石後,再輔以抗菌斑含漱劑，才能較徹底地控齲菌斑。
（2） 潔治術:潔治術是牙齦炎、牙周炎的主要治療方法,也是治療牙周炎的第一步，通過潔治術，絕大多數的單純牙齦炎可以治癒，而牙周炎則在潔治術的基礎上再做其他治療，因而潔治術是治療牙周病的最基礎的治療方法。潔治器械分為超聲波潔治機和手用潔治器。超聲潔治是一種高效去除牙石的器械,尤其對去除大塊齦上牙石有省力、省時的優點。用手潔治器需要依靠手腕的力量來刮除牙石，雖然比較費力且費時,但手用潔治是基本的方法。
（3） 牙周病的全身藥物應用：藥物作用可達到深牙周及根分叉等刮治器難以達到的部位;殺滅侵入牙周袋壁組織的微生物;消除牙周袋以外區域如舌背扁桃體及頰黏膜等處的病原微生物。
常用藥物有甲硝哩、替硝哩、螺旋毒素、羥氨苯青毒素、四環素類藥物、羅紅黴素等。
（4） 牙周病局部藥物的應用:牙周病局部用藥能避免全身用藥所致的毒副作用。用藥方式可分齦上用藥和齦下用藥。齦上用藥主要是抗生素含漱、局部塗布以消炎收斂;齦下用藥的技術包括牙周袋內沖洗和緩釋抗菌藥物。
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