形成牙列不齊的原因很多而且複雜，其發生的過程可以是由單一因素或單一機理在起作用，也可以是兩種以上的多種因素或多種機理共同起作用的結果。歸根結底，不外乎遺傳性和獲得性兩大因素。
遺傳性因素主要為種族演化和退化，遺傳性因素大約占30%。在人類進化的過程中，原始人從爬行到直立行走,身體重心發生改變,支持頭部的頸背肌逐漸減弱，為了適應頭部的平衡，頜骨逐漸退化縮小，顱骨因腦量的增大而逐漸擴大,演化成現代人的顱面外形。人類的食物越來越精細,導致咀嚼器官的功能日益減弱，因而產生了咀嚼器官退化性縮小的遺傳性狀。然而這種退化呈不平衡現象，即牙槽、頜骨的退化快於牙齒，頜骨容不下所有的牙齒，導致牙列不齊、牙列擁擠。這是現代人錯胎畸形的演化背景。牙列不齊的基因可以由親代傳給子代，常表現有家庭遺傳傾向。
獲得性因素主要有以下幾個方面：胎兒在生長發育過程中，由於缺少鈣、磷、鐵等礦物質以及維生素B、C、D等與發育有關的物質，或者由於母親在妊娠期罹患風疹、梅毒等傳染性疾病，都可以造成胎兒發育不良或發育異常。嬰兒在出生後，一些急性傳染病，如猩紅熱、麻疹、水痘等，某些慢性疾病，如消化不良、胃腸炎等，和一些內分泌系統的疾病，如甲狀腺功能異常、腦下垂體功能異常等，以及維生素
A、C、D缺乏等,都會影響領骨和牙齒的發育。還有一些口腔器官的功能性因素，如由於某些兒童日常所吃的食物過於精細，咀嚼功能沒有得到充分的發揮，頜骨缺少足夠的刺激而發育不足，導致牙列不齊、牙列擁擠。另外，兒童的不良習慣如吮指、伸舌、吐舌、咬唇、咬物、偏側咀嚼等習慣會引起各種各樣的牙列不齊。兒童乳牙的早失和滯留，恒牙的早失和過早萌出以及多生牙和先天性缺牙等都會造成牙列不齊。
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