從致病因素分類，一般可分為遺傳因素和環境因素兩類。
1.遺傳因素
遺傳即相似性，是指子代繼承和保留了親代所具有的內部結構、外部形態和生理功能等方面的特徵遺傳因素在牙頜畸形的病因中有較高的比重，遺傳因素中以種族演化和個體發育顯得尤為重要。這也是錯稔畸形發病率居高不下的原因。遺傳性牙頜畸形患者矯治難度大、療程長，應及早干預治療並防止復發。
2.環境因素
環境因素分為先天性和後天性因素。它是指從受精卵的形成到胎兒的生長，到嬰兒的出生，再到出生後，由斑、嬰的各種全身和局部的因素造成錯笳畸形的各種因素。它包括疾病、功能異常、替牙期局部障礙、口腔不良習慣等這類牙頜畸形一般矯治療效好，並可通過預防、阻斷等手段，避免牙頜畸形的發生。
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