導致錯頜畸形的原因有很多，不同性質的因素或不同性質的機制，可形成同一種錯頜畸形；而一種錯頜畸形的發生過程中，可能有多種因素共同參與。
在考古中發現原始人很少發生錯頜畸形，而現代人類則普遍存在錯頜畸形,90%以上的兒童有程度不同的錯頜。比較猿人和現代人的食物我們發現，食物經歷了由生到熟，由粗到細，由硬到軟的改變，由於食物的改變，咀嚼功能逐漸減退，功能決定形態，所以人類的咀嚼器官也相應地逐漸退化，但在咀嚼器官的退化過程中牙齒的退化最慢，頜骨的退化最快，從猿人和現代人面形的巨大差別就可以瞭解這一點。而牙齒並沒有隨著頜骨的退化而退化，結果造成牙齒和頜骨之間的不協調，醫學上稱為牙量、骨量不協調。牙量大於骨量，相對多的牙齒就無法在已退化的頜骨上排列整齊,形成各種錯頜畸形。
在人群中，常見到一種上、下頜前突的錯頜畸形,但這種錯頜由於頜骨的充分發育,牙齒卻能排列得很齊，也是一樣的道理。這也是為何矯治錯頜畸形時需要拔牙的原因。
以上所述的只是一個大的趨勢，而具體到每個人的錯頜畸形可能不一樣，這就與個體發育有關。個體錯頜畸形的有無，很大程度上決定於父母的遺傳，遺傳性的錯頜畸形，常常在錯頜的類型、部位、程度上高度一致,甚至可以在相同的牙齒上表現完全相同的畸形。常見的如：牙齒擁擠，上切牙的近中旋轉，下頜後縮等。
一般把錯頜畸形的原因大致分為遺傳因素和環境因素兩大方面。錯頜畸形為多基因遺傳,包括種族演化（如上所述）和個體發育。個體發育就是說,遺傳雖然占原因的絕大部分，但環境因素仍然可以影響基因的表現，比如在雙胞胎中,錯頜畸形的表現雖然很一致，但還是有差異存在。出生前的環境因素稱為先天因素，出生後的環境影響則稱為後天因素。
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