皰疹口腔炎是被濾過性病原體所感染，會通過直接的皮膚接觸而傳染。攜帶濾過性病原體的人的皮膚只要接觸對方的黏膜，後者就會被傳染。因為濾過性病原體很難穿過皮膚，所以主要通過口腔黏膜、尿道、性器官黏膜傳染。一旦被皰疹菌感染，這個菌不會被輕易殺滅，而常常潛伏在其所感染部位的神經節中。
皰疹的發病原因是患有其他疾病、缺乏營養、心理壓力較大或服用類固醇等，另外，與疲勞、感情的變化、生理週期、妊娠、過敏性反應、日光浴等也有關系。如果減少壓力，充分吸收營養素，有規律地運動休息，就能抑制發病。在10-15天內會自行消退。在藥物方面，雖然抗濾過性病原體軟膏已上市，但是使用前必須向專業醫生諮詢。
藥物雖然可以迅速緩解皰疹症狀，但是不能保證完全治癒。服藥時，會出現嘔吐和頭痛等副作用，但比軟膏更有效。不需要處方買到的各種軟膏，事實上對於皰疹是沒有什麼效果的。
另一種常見的口腔炎是週期性(Aphthousstomatitis)□腔炎，這種潰瘍和皰疹不同，患者甚至在咀嚼時都會伴隨著難忍的疼痛。並且皰疹不會出現在堅固的牙齦周圍。週期性潰瘍的特徵是，主要出現在嘴唇內側或臉頰內側等像舌頭一樣的軟肉周圍。週期性口腔炎患者的口腔裏可檢測出濾過性病原體和細菌。最主要的原因是免疫系統異常。缺乏鐵、B族維生素、維生素C，而心理壓力、過敏性反應和口腔裏的傷口等也是引發週期性潰瘍的原因。雖然沒有特效藥，但有研究表明：用四環素藥水漱口一周以後，約有70%的受訪患者稱疼痛減輕。另據報導：四環素軟膏也有助於緩解疼痛。
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