在基礎治療後，如仍有炎症未控制好的患牙可以進行牙周翻瓣術，即在牙齦上做切口將牙齦翻開，在直視下徹底去除根面的菌斑和牙石及感染組織，還可修整牙齦和牙槽骨的外形，通過植骨促進破壞牙槽骨的再生或截除病情嚴重的患根等。
修復治療
修復治療是針對有患牙缺失的牙周病患者而言，俗稱“鑲牙.。一般在牙周手術後2~3月幵始進行。此時，牙周炎症已控制且基本穩定，可進行永久性修復缺失牙。但應注意，製作義齒時必須考慮牙周健康因素。
牙周支持治療
牙周支持治療也稱維護治療，是正規的牙周系統治療中不可缺少的部分，是保持牙周長期療效的重要條件，任何牙周病患者，尤其牙周炎患者需要終身維護。大多數牙周病患者在經過基礎治療後，炎症消退，病情得到控制，為了防止病情的複發，應在基礎治療結束後進入維護治療。自我有效的控制菌斑、復查、複治是維護治療的重要內容。復查的間隔期可根據病情和患者控制菌斑的程度來決定，治療剛結束復查可頻繁些，如1~2月。若病情穩定，可酌情延長間隔期，如3~6月。
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