顧名思義，基礎治療是對每一位牙周病患者都適用的最基本治療。其目的是去除細菌，控制炎症。
① 牙周專科醫生會根據患者實際情況教會患者在家如何進行有效的菌斑控制，如刷牙、牙線和牙縫刷的使用。因為菌斑可在牙面上不斷、快速地形成，在剛清潔過的牙面上數秒鐘內即可有新的細菌黏附，若停止刷牙8小時後細菌數即可達到103~104/平方毫米,24小時後可增加100-1000倍。因此,牙周病的治療需要患者自身長期有效的菌斑控制，才能以達到維持療效。
② 患者必須接受專業的牙周治療以去除菌斑及牙石（牙石就是礦化後的菌斑，患者可以去除菌斑但無法去除牙石）o對於發生在牙周病早期的牙齦炎，一般通過潔治術（通常也稱“潔牙”“洗牙”）就可以控制炎症。而對於發生在牙周病中、晩期的牙周炎，經過潔治術後還需進行齦下刮治術（通常也稱“深刮”“深度清潔”）方可控制牙眼炎症，因為牙周炎時由於牙齦組織與呀齒表面分開，不僅牙冠表面有菌斑和牙石，牙根上也有菌斑和牙石，而且羅根表面還有感染的組織。因此，只有通過齦下刮治術才能徹底去除牙齒上的細菌和牙石，並且使根面光滑而平整，利於牙齦炎症的恢復，並且重新貼附在牙齒表面。
③ 牙周病患者可根據情況輔以藥物治療。當出現急性症狀或一些炎症嚴重的患者在潔刮治療後，可適當局部和全身使用藥物。對於少數對潔刮治療反應不佳的患者也可適當使用藥物。目前，常用的藥物有碘製劑、甲硝鹿、四環素及其同族藥物如多西環素（又名強力黴素）、氯己定（又名洗必泰）等。但需注意的是，藥物治療不能取代潔刮治療，而只能作為其輔助治療
對於非常鬆動的嚴重患牙，如確已無保留價值者，應儘早拔除，這樣可以：避免患牙牙根周圍牙周支持組織的進一歩破壞，從而得以保留牙槽骨的高度和寬度而有助於鑲義因；有利於保護鄰牙；避免因患牙鬆動而使患者只用另一側咀嚼。拔牙後，最好在牙周組織炎症控制後、永久性鑲牙前佩戴暫時性義齒，以達到改善咀嚼功能和美觀的要求。
對於鬆動但有保留價值的患牙，如果影響咀嚼可在牙周炎症控制的情況下行鬆動牙的固定、調稔等治療建立平衡的咬合關係，從而減輕鬆動度，改善咀嚼功能，並有利於組織修復。有些患者還可通過正畸治療來矯正錯稔或病理移位的牙齒，以建立合理的咬合關係。
對於影響牙周病的一些全身性或環境因素盡可能發現並糾正，如吸煙者應戒煙，伴有全身性疾病如糖尿病患者應積極控制血糖等。
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